Для арчлинукс

Устанавливаем пакет:
sudo pacman -S ecryptfs-utils

Запускаем модуль ядра:
sudo modprobe ecryptfs

Добавляем в файл /etc/pam.d/login строки:

auth optional pam_ecryptfs.so unwrap
password optional pam_ecryptfs.so
session optional pam_ecryptfs.so unwrap

Запускаем скрипт:
ecryptfs-setup-private
который создаст каталоги ~/.Private и ~/Private пароль нужно указать тот-же, что для входа пользователя

Проверте, как работает. В Private поместите файл или каталог, в скрытом файле .Private он должен зашифроватся. при выходе пользователя из системы каталог Private не должен содержать расшифрованных файлов. При входе пользователя эти файлы должны появится.

Лично я разместил в каталоге Private каталоги конфигурации браузеров и документы, а в домашнем каталоге сделал ссылки на них.

Зачем? При потере ноутбука или компа ваши данные не смогут достать даже с помощью Live CD или другой системы, впрочем, при потере. Метод, «паялник в задницу» все-же поможет расшифровать данные

Все-же во избежание потери данных надо периодически архивировать каталог Private (я использую шифрованный 7z)